El crecimiento industrial de los años 60 y 70 dió origen al crecimiento demográfico de Pamplona y de las poblaciones limítrofes, originando una urbanización con necesidades y problemas comunes. Uno de los más acuciantes, era el abastecimiento de agua y especialmente la depuración de las aguas residuales, cuyo destino, en todo el ámbito geográfico comarcal, era el río Arga y sus afluentes.
No era factible abordar este problema, ni administrativa ni económicamente, desde la acción individual de cada uno de los ayuntamientos.

En 1980 una comisión mixta integrada por la Diputación Foral, Ayuntamiento de Pamplona y corporaciones locales de la comarca decidió afrontar conjuntamente el problema del agua en todo el ámbito de la Comarca de Pamplona.

En 1982, como resultado de esa decisión política, nacía la Mancomunidad de Aguas de la Comarca de Pamplona. Su primer cometido fue gestionar el ciclo integral del agua, es decir, el abastecimiento de agua potable y el saneamiento de las aguas residuales. Fueron 41 los municipios y concejos que se incorporaron voluntariamente.

Cuatro años más tarde, en 1986, la Mancomunidad, con el objetivo de asumir la prestación de nuevos servicios, modificó sus Estatutos y pasó a denominarse Mancomunidad de la Comarca de Pamplona.

En 1987, con la misma filosofía de resolver en común lo que no podía acometerse individualmente, se inició la gestión de otro de los graves problemas medioambientales que soportaba esta Comarca: la recogida y el tratamiento integral de los residuos urbanos.

En junio de 1999 se asume la gestión del servicio de transporte colectivo urbano que pretende resolver los problemas de movilidad entre los 17 municipios del continuo urbano de Pamplona.

La Mancomunidad asume en el año 2006 la gestión del servicio del taxi en virtud de la ley foral aprobada por el Parlamento de Navarra el 30 de junio de 2005. Se crea así un área de prestación conjunta del servicio gestionada por la Mancomunidad y que integra a 19 municipios de la comarca.

En junio de 2006 se inaugura la estación de tratamiento de agua potable de Tiebas. Con su puesta en funcionamiento el pantano de Itoiz y el Canal de Navarra garantizan el abastecimiento de agua a la Comarca de Pamplona para las próximas décadas.